Als die Serie einsetzt, sind die Taelons bereits seit ein paar Jahren auf der Erde. Man hat sich mittlerweile an sie und ihre Hilfe gewöhnt. Alles scheint in geregelten Bahnen zu verlaufen. Die Taelons haben gute Beziehungen zu den Menschen und – wichtiger noch – zu den Führern der verschiedenen Völker. Da’an, der nordamerikanische Companion, hat sein Hauptquartier in Washington D.C., wo er die Interessen der Taelons vertritt.
In der Pilotepisode lernt man William Boone kennen, der als Polizist gearbeitet hat und nun zu einem Companion-Beschützer wird, nachdem er Da’an bei einem Anschlag auf das Leben des Industriellen Jonathan Doors vor Schaden bewahrt hat. Fast gleichzeitig gerät er jedoch in den inneren Kreis des menschlichen Widerstands, der vom totgeglaubten Doors geleitet wird und dem auch Lili Marquette, eine Pilotin, die für die Taelons arbeitet, angehört.
Probleme hat Boone mit Agent Ronald Sandoval, der für das FBI tätig ist, jedoch für die Taelons abgestellt wurde. Da Sandoval ein CVI, ein Implantat, im Gehirn trägt, ist sicher, dass er den Taelons absolut treu ergeben ist, da es eine der Routinen des Geräts ist, seinen Träger dazu zu bringen, nur im Interesse der Taelons zu handeln. Dafür verfügt er, ebenso wie Boone, über einen Skrill, eine Art biomechanischer Lebensform, die am Arm Platz findet und als Waffe verwendbar ist.
Schon früh muss Boone erkennen, dass im Dunstkreis der Taelons nicht alles mit rechten Dingen zugeht. Selbst der Tod seiner Frau steht mit ihnen in Verbindung. Wie sich herausstellt, war Sandoval der Drahtzieher. Nur so konnte der Agent sicherstellen, dass Boone, der nun ebenfalls Träger eines CVIs ist, sich voll und ganz auf die Taelons konzentriert. Aus diesem Grund sorgte Sandoval seinerzeit auch dafür, dass seine Frau ihm nicht länger im Weg steht.
Dank Dr. Belman kann Boone auf die Vorzüge des CVIs zurückgreifen, ohne dessen Nachteile in Kauf nehmen zu müssen. Durch das Implantat ist er auch in der Lage, auf eine erhöhte mentale Kapazität zurückgreifen. Dies ist ihm des Öfteren von Nutzen: So muss er seine Loyalität gegenüber den Taelons nur heucheln und nicht wirklich empfinden.
Nach diesem ersten Abenteuer waren die Fronten abgesteckt. Boone wird zu einem wichtigen Mitglied des Widerstands, da er als Insider direkt an der Quelle sitzt und seine Gesinnungsgenossen über die Entwicklungen bei den Taelons auf dem Laufenden halten kann. Dass dies dringend nötig ist, zeigt sich, als sich eine richtige Kirche um die Taelons bildet. Einige verblendete Menschen sehen in ihnen Heilsbringer aus dem Himmelreich, die gekommen sind, um der Menschheit den Weg zum Glück zu weisen. Die Taelons nutzen diese Gelegenheit auch, um mit ihren geheimen Experimenten an Menschen fortzufahren. Schon hier zeigt sich, dass die Außerirdischen alles andere als messianische Jünger aus dem All sind, sondern skrupellos ihren Zielen nachgehen.
Ein anderes derartiges „Experiment“ ist ein Mörder, gleichzeitig jedoch Träger eines CVIs, der dessen Sperren durchbrochen hat. Er hat erkannt, was die Taelons wollen, sodass er Boone rät, die Möglichkeiten seines CVIs voll auszuschöpfen. Dass ein CVI mit Vorsicht zu genießen ist, muss Boone wenig später feststellen: Er erkennt, dass ihm das Implantat falsche Erinnerungen vorgaukelt. Zudem stellen die Taelons auf rücksichtslose Art seine Loyalität auf die Probe, mit der Absicht, sein Misstrauen gegenüber den Außerirdischen zu verstärken.
Wenig später tritt Jonathan Doors an die Öffentlichkeit und legt Beweise vor, die zeigen, dass die Taelons Experimente an Menschen vornehmen. Er ruft jedermann auf, sich dem Widerstand gegen die außerirdischen Invasoren anzuschließen. Dies bringt dem Widerstand Sympathien ein, aber die Taelons können die Krise abwenden, auch wenn ein Restzweifel bei vielen Menschen bleibt. Wie recht der Widerstand doch hat, zeigt sich dann, als die Taelons alles daran setzen, einen Flug zum Mars zu stoppen. Sie haben Erfolg, doch einer der Astronauten stiehlt ein Shuttle der Taelons und wagt den Flug. Auf dem Weg dorthin sieht er, dass die Taelons auf dem Mond eine Kolonie errichten – eine Kolonie, von der kein Mensch etwas weiß.
Boone findet nicht nur heraus, dass eine stattliche Anzahl an Menschen nach den Experimenten der Taelons verschwunden sind, er muss auch erkennen, dass die Skrills Überreste einer Alienspezies sind, die einst gegen die Taelons kämpften. Dies wiederum verdeutlicht, dass die Taelons auch bereit sind, andere Spezies auszurotten oder zu versklaven.
Dass die Pläne der Taelons von langer Hand vorbereitet sind, zeigt sich, als Boone und Sandoval mit Hilfe der britischen Companion-Beschützerin Siobhan Beckett in Irland auf eine Höhle stoßen, in der Bilder des Taelon Ma’el zu finden sind. Dieser Taelon kam vor Jahrtausenden zur Erde, studierte die Menschen und warnte die anderen Taelons, nicht zur Erde zu kommen. Das Gemeinwesen der Taelons ignorierte dies jedoch.
Ein Experiment der Taelons kommt ans Licht der Öffentlichkeit, als einem der ihren, Ro’ha, Emotionen verleiht werden. Diese machen ihn jedoch zum Mörder, was sich nicht einfach totschweigen lässt. Ein Plan des Widerstands sieht vor, dass das hauseigene Computergenie Augur einen Virus in das Taelon-System einschleusen soll, der alles lahm legt. Der Schuss geht jedoch nach hinten los, da auch menschliche Computersysteme betroffen sind. Da die Taelons zur Rettung eilen und alles wieder ins rechte Lot bringen, ist dies für den Widerstand ein herbes Eigentor.
Obwohl Ro’ha für seine Taten vor Gericht gestellt wird, finden weiterhin Taelon-Experimente statt. Das Bewusstsein von Lilis verstorbenem Vater wird in einen anderen Körper übertragen und kurz darauf stellen die Taelons eine neue Art des Reisens vor: Ein System, das einen Menschen in Sekundenschnelle von einem Ort zum nächsten bringen kann, das die Taelons jedoch nutzen, um sich geeignete Testobjekte zu sichern. Von besonderem Interesse sind dabei mächtige und einflussreiche Menschen.
Am Ende dieser Season taucht Ha’gel, ein Außerirdischer, auf, der die Taelons hasst. Boone und Sandoval sollen Ha’gel zur Strecke bringen, doch Boone wäre lieber ein Bündnis mit dem Außerirdischen eingegangen. Dazu kommt es allerdings nicht, da Ha’gel getötet wird. Nicht jedoch, ohne zuvor Siobhan Beckett zu schwängern. Boone selbst wird bei dem Einsatz schwer verletzt. An Bord des Mutterschiffes, auf dem er behandelt wird, tritt schließlich Zo’or, ein Konkurrent von Da’an, aus den Schatten und tötet den Companion-Beschützer.