Nach einem Besuch auf der Erde befinden sich die meisten Expeditionsmitglieder an Bord der Daedalus auf dem Weg Richtung Pegasus Galaxie. Als immer mehr Probleme mit den Schiffssystemen auftauchen und Crewmitglieder getötet werden, macht McKay eine beängstigende Entdeckung in den Computern des noch wenig getesteten Erdenschiffes.
Nach dem grandiosen Staffelauftakt ist „Der Eindringling“ eine ruhigere Episode, die kaum in der Pegasus Galaxie spielt. Stattdessen gibt es Besuche auf der Erde und somit einen Gastauftritt von SG-1-Schauspieler Beau Bridges als General Hank Landry. Außerdem erfährt der Zuschauer mehr über Dr. Weir und was bzw. wen sie für die Atlantis-Expedition zurückgelassen hat.